기원전 10세기경 페니키아인이 최초로 이 항만에 들어온 뒤, 그리스인·카르타고인·로마인 등에 의해 안전한 항구로서 이용되었다. 로마 시대에는 무역항으로 번영하였으나, 민족대이동의 혼란기에 항구와 도시가 함께 파괴되었다. 7세기 이래 모나코는 롬바르디아 왕국·아를 왕국 등의 영토였다가 약 200년에 걸쳐 사라센제국의 지배를 받았다.
10세기에 들어와서 제노바의 그리말디가가 프랑스 왕국의 도움을 받으면서 진출하여, 1297년부터 그리말디가의 영지가 되었다. 16세기에는 에스파냐의 보호국이 되었고, 1641년 다시 프랑스의 보호 아래에 들어가게 되었으나, 프랑스 혁명기 및 제1제정 때 프랑스는 모나코를 그리말디가로부터 몰수·합병하였다.
1814년~1815년 빈 회의에서 모나코는 그리말디가에 반환되었으나 다시 사르데냐 왕국의 보호 하에 놓이게 되었다. 1848년 프랑스 2월 혁명 후에 모나코의 망통·로크브륀의 두 도시가 반란을 일으켜 사르데냐 왕국의 속박에서 벗어나 프랑스에 합칠 것을 요구함으로써 모나코는 분열의 위기를 맞게 되었다. 1861년 샤를 3세가 두 도시에 대한 권리를 프랑스에 팔아넘기고, 모나코는 현재의 영토로 축소된 상태에서 사르데냐로부터 이탈하여 프랑스 보호 아래 독립국이 되었다.